Το Τμήμα δημιουργήθηκε τον Ιούνιο του 2013 από τη συνένωση του Τμήματος Μαθηματικών (έτος ιδρ. 1977) και του Τμήματος Εφαρμοσμένων Μαθηματικών (έτος ιδρ. 1999) και δέχεται δύο κατευθύνσεις εισαγωγής προπτυχιακών φοιτητών (Μαθηματικά, Εφαρμοσμένα Μαθηματικά). Είναι ταυτόχρονα το παλαιότερο και το νεότερο τμήμα του Πανεπιστημίου Κρήτης και το μεγαλύτερο τμήμα στη Σχολή Θετικών και Τεχνολογικών Επιστημών.