Το Τμήμα Μαθηματικών και Εφαρμοσμένων Μαθηματικών δημιουργήθηκε τον Ιούνιο του 2013 από τη συνένωση του Τμήματος Μαθηματικών και του Τμήματος Εφαρμοσμένων Μαθηματικών. To Τμήμα Μαθηματικών δέχθηκε για πρώτη φορά φοιτητές το ακαδημαϊκό έτος 1977-1978. Δημιούργησε μια μεγάλη παράδοση εξαιρετικής πανεπιστημιακής διδασκαλίας και συνοδεύτηκ από σημαντικά ερευνητικά αποτελέσματα στην μαθηματική επιστήμη. Το Τμήμα Εφαρμοσμένων Μαθηματικών ιδρύθηκε μετά από προσπάθειες μελών του Τμήματος Μαθηματικών το 1999 με σκοπό την ανάπτυξη των εφαρμογών των Μαθηματικών στην Ελλάδα. Το Τμήμα πολύ γρήγορα προσέλκυσε καταξιωμένους και δυναμικούς νέους ερευνητές από Ευρώπη και Αμερική και σύντομα δημιούργησε ένα εξαιρετικό προφίλ εκπαίδευσης και έρευνας στις εφαρμογές των Μαθηματικών, έχοντας εξασφαλίσει σημαντικά ανταγωνιστικά ερευνητικά έργα και δραστηριότητες. Σήμερα, το ενιαίο Τμήμα Μαθηματικών και Εφαρμοσμένων Μαθηματικών συνεχίζει την ισχυρή παράδοση των δύο τμημάτων από τα οποία προήλθε, παρέχοντας μαθηματική εκπαίδευση υψηλού επιπέδου και δίνοντας, παράλληλα, έμφαση στην προσωπική επαφή φοιτητών και διδασκόντων. Το τμήμα παρέχει ποιοτικά και ευέλικτα προγράμματα σπουδών, με μικρό αριθμό υποχρεωτικών μαθημάτων και πλήθος κατ’ επιλογήν μαθημάτων. Απονέμει πτυχίο στις κατευθύνσεις των Μαθηματικών και των Εφαρμοσμένων Μαθηματικών. Οι φοιτητές του Τμήματος έχουν την ευκαιρία να εκπονήσουν διπλωματική εργασία, να κάνουν Πρακτική Άσκηση σε διάφορους φορείς, να συμμετέχουν στο πρόγραμα Erasmus για την ανταλλαγή φοιτητών με άλλα Πανεπιστήμια στην Ευρώπη αλλά και συνεχίσουν τις σπουδές τους στα μεταπτυχιακά προγράμματα του Τμήματος. Το πρόγραμμα σπουδών της κατεύθυνσης Μαθηματικών προσφέρει ένα στέρεο υπόβαθρο στα μαθηματικά κατά τα δύο πρώτα έτη σπουδών με υποχρεωτικά μαθήματα στην Ανάλυση, Γραμμική Άλγεβρα, Άλγεβρα, Διαφορικές Εξισώσεις, Πιθανότητες, αρχές προγραμματισμού Η/Υ και φυσική. Στα επόμενα δύο έτη οι φοιτητές μπορούν να διαλέξουν από μια ευρεία επιλογή μαθημάτων στα θεωρητικά και εφαρμοσμένα μαθηματικά, όπως και μαθήματα από άλλα Τμήματα του Πανεπιστημίου (Τμήμα Φυσικής, Επιστήμης Υπολογιστών, Βιολογίας, Οικονομικών, κλπ.) τα οποία θα τους προετοιμάσουν για μεταπτυχιακές σπουδές τόσο στα Μαθηματικά όσο και σε συναφή αντικείμενα. Επιπλέον, μπορούν να επιλέξουν μαθήματα στην κατεύθυνση της διδακτικής των Μαθηματικών. Το πρόγραμμα σπουδών στα Εφαρμοσμένα Μαθηματικά εστιάζει στην Ανάλυση, τις Διαφορικές Εξισώσεις, τις Πιθανότητες και Στοχαστικές Διαδικασίες, Βελτιστοποίηση, Αριθμητική Ανάλυση και υπολογιστικές μεθόδους. Εκθέτει τους φοιτητές του προγράμματος στα γνωστικά πεδία των μαθηματικών και τους επιστημονικούς υπολογισμούς που στηρίζουν τις εφαρμογές και τη σύγχρονη τεχνολογία, παρέχοντας διεπιστημονική γνώση. Το Τμημα Μαθηματικών και Εφαρμοσμένων Μαθηματικών ειναι το πρώτο τμήμα με αντικείμενο τα μαθηματικά του οποίου το πρόγραμμα σπουδών (και των δυο κατευθύνσεων) δίνει τη δυνατότητα, σε όσους επιθυμούν, να αποκτησουν παιδαγωγική και διδακτική επάρκεια μετά την επιτυχή παρακολουθηση μιας σειράς μαθημάτων επιλογής τα οποία αναγνωρίζονται ως μέρος των μαθημάτων που απαιτούνται για την απονομή πτυχίου. Η παιδαγωγική και διακτική επάρκεια θα είναι απαραίτητο προσόν για την απασχόληση και το διορισμό στη μέση εκπαίδευση σε όσουν έχουν εισαχθεί από το ακαδημαϊκό έτος 2015-2016 και εφεξής.