Το Τμήμα Μαθηματικών και Εφαρμοσμένων Μαθηματικών δίνει τη δυνατότητα στους αποφοίτους του να συνεχίσουν τις σπουδές τους σε μεταπτυχιακό επίπεδο με σκοπό την απονομή Διπλώματος Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΔΜΣ). Παρέχεται επίσης η δυνατότητα συνέχισης των σπουδών με στόχο την εκπόνηση διδακτορικής διατριβής και την απονομή Διδακτορικού Διπλώματος.

• Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών «Μαθηματικά και Εφαρμογές τους»
• Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών «Εφαρμοσμένα και Υπολογιστικά Μαθηματικά»
• Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών «Μαθηματική Μοντελοποίηση και Επιστημονικοί Υπολογισμοί»
• Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών «Μαθηματικά και Εκπαίδευση»
• Διατμηματικό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών «Τεχνολογίες Αιχμής στις Επιστήμες της Όρασης»
• Δι-ιδρυματικό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών «Ανάλυση Δεδομένων και Μηχανική-Στατιστική Μάθηση»

Σήμερα, διαθέτει τρία αναγνωρισμένα και διακριτά Προγράμματα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΠΜΣ), το πρόγραμμα «Μαθηματικά και Εφαρμογές», το πρόγραμμα «Εφαρμοσμένα και Υπολογιστικά Μαθηματικά» και το πρόγραμμα «Μαθηματικά και Εκπαίδευση». Συμμετέχει επίσης, στο Διατμηματικό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών ««Τεχνολογίες Αιχμής στις Επιστήμες της Όρασης»» με την Ιατρική Σχολή και το Τμήμα Επιστήμης και Τεχνολογίας Υλικών του Πανεπιστημίου Κρήτης και στο Δι-ιδρυματικό ΠΜΣ «Ανάλυση Δεδομένων και Μηχανική-Στατιστική Μάθηση» με το Τμήμα Επιστήμης Υπολογιστών του Πανεπιστημίου Κρήτης και τα Ινστιτούτα Υπολογιστικών Μαθηματικών και Πληροφορικής του Ιδρύματος Τεχνολογίας και Έρευνας.